歯根嚢胞は歯の内部の神経があった空間が汚れが原因で出来ます。そのため、歯の根の治療を行うのが一般的です。根の治療とは、次のようなステップで行なわれます。

膿の袋までの通り道を歯の内部に確保する
一般には、被せものや詰め物などを全て外して、歯の内部の歯の内部の神経があるための空間をたどり、根の先端部分にある膿の袋に繋がる穴をあけます。骨に閉じ込められていた膿が歯の中から出てきます。
歯の内部の清掃・消毒根管治療器具
歯の内部は隙間があり、汚れている場合がほとんどで、細菌が繁殖した空間が残っています。これらを専用の器具（針金のようなもの）でヤスリがけのようなイメージで削り落としていきます。さらに細菌が歯の内部や、骨の内部に付着していることが多いため、薬剤を使い無菌化します。
内部に詰め物を入れる
細菌などを削り落としたり、薬品などで消毒したりして歯の内部を無菌状態します。その後根の穴を隙間なく詰め物で満たして、外部からの細菌が侵入しないようにします。根管長測定器
残念なことですが、歯根嚢胞は根の治療を行なえば必ず完治する訳ではありません。膿の袋が小さなものは比較的完治しやすいといえます。ただし根の治療を行なったのに症状が改善しない場合には、大きさに関わらず、抜歯をしたり骨の一部を削ってから、膿の袋を直接取り除く手術が必要なこともあります。